Nació el 7 de abril de 1506 en el seno de una familia noble. Sus padres fueron Juan de Jaso y María de Azpilicueta. Era el benjamín de cinco hermanos: Magdalena, Ana, Miguel, Juan y él mismo.
Su niñez estuvo marcada por los hechos históricos que conllevaron a la pérdida de la independencia al Reino de Navarra, y su familia estuvo muy involucrada en dichos hechos. Su casa natal fue lugar de encuentro de los partidarios de los Albret y sufrió la revancha de la pérdida. Sus hermanos fueron encarcelados por ello. Estas circunstancias pudieron ser la causa de la determinación de Francisco por el estudio religioso.
En 1524 Francisco de Javier tiene tomada la determinación de ir a estudiar a París, después de haber cursado estudios en diferentes ciudades navarras, ultimándolos en Pamplona. En septiembre de 1525 fue a estudiar a París, donde conoció al que sería su mejor amigo, Íñigo de Loyola, posteriormente San Ignacio de Loyola, quien nunca le dejó solo en los momentos difíciles en París y siempre le ayudó, como, por ejemplo, cuando Javier sufrió problemas económicos. Fue allí donde, con otros cinco compañeros, se constituye lo que sería el embrión de la Compañía de Jesús. El 15 de agosto de 1534, una vez finalizados los estudios, juran votos de caridad y castidad, a la vez que prometen viajar a Tierra Santa, en la iglesia parisina de Montmartre. Francisco se queda en París otros dos años más estudiando Teología, después de participar en los ejercicios espirituales junto a Ignacio de Loyola. En 1537 se reúne con Ignacio de Loyola para viajar a Italia. En Roma visitan al papa Pablo III para pedirle su bendición antes de emprender el viaje a Tierra Santa, viaje que no se iba a poder realizar por haber entrado en guerra Venecia con Turquía. En Venecia es ordenado sacerdote el 24 de junio. Durante su estancia allí, mientras esperaban el barco para ir a Tierra Santa, se dedica junto a sus compañeros a predicar por los alrededores. Ante la tardanza del viaje, vuelven a Roma y se ofrecen al Papa para ser enviados a cualquier otro lado. De allí parte hacia Lisboa en 1540, donde dará comienzo la etapa más importante de su vida: la de misionero. El viaje a Portugal se debió a la solicitud del embajador portugués en Roma, que pidió en nombre de Juan III de Portugal a Ignacio de Loyola algunos hombres suyos para enviarlos a las Indias Orientales. Para ese viaje, Francisco fue nombrado por el papa legado suyo en las tierras del Mar Rojo, del Golfo Pérsico y de Oceanía, a uno y otro lado del Ganges.
En Lisboa estuvo un tiempo, hasta que fue designado Francisco para ser el enviado a las Indias. En ese tiempo no pararon de predicar el evangelio a los pobres de la ciudad. El 7 de abril de 1541, día que cumplía 35 años, sale la expedición y llega el 22 de septiembre a Mozambique. Allí se queda hasta febrero del año siguiente. En esa estancia ayuda en el hospital y percibe la realidad del trato que se da a los negros, lo cual le lleva a tener los primeros enfrentamientos. Después de efectuar escalas en Melinde y Socotora, llega a Goa el 6 de mayo de 1542. Prepara un texto divulgativo basado en el catecismo de Juan Barros y comienza a predicar la doctrina católica por la ciudad, a la vez que asiste a moribundos, visita a presos y socorre a pobres. Para lograr un acercamiento más intenso se dedica a aprender la lengua del país. Tras rechazar el puesto de director del seminario de San Pablo, se embarca, en octubre de 1542, para las islas de la Pesquería, donde permaneció más de un año. Evangeliza a los indios Paravas y recorre las ciudades de Tuticorrín, Trichendur, Manapar y Combuture. Encontró la oposición de los brahmanes, que habitaban las pagodas de la región. Aprendió tamil y tradujo a esa lengua parte de los textos cristianos y una plática sobre el cielo y el infierno. En noviembre de 1543 se encuentra con sus compañeros Micer Paulo y Mansilla en Goa y se entrevista con el obispo de la ciudad para pedirle misioneros y destina a 6 sacerdotes para esa labor. Con los nuevos colaboradores se vuelve de nuevo a la Pesquería. En el viaje escribe varias cartas a sus compañeros de Roma, en una de ellas dice:
Muchos cristianos se dejan de hacer en estas partes, por no haber personas que se ocupen en la evangelización. Muchas veces me mueven pensamientos de ir a esas Universidades dando voces como hombre que tiene perdido el juicio, y principalmente a la Universidad de París, diciendo en la Sorbona a los que tienen más letras que voluntad, para disponerse a fructificar con ellas; ¡cuántas almas dejan de ir a la gloria y van al infierno por negligencia de ellos! Es tanta la multitud de los que se convierten a la fe de Cristo en estas partes, en esta tierra donde ando, que muchas veces me parece tener cansados los brazos de bautizar, y no poder hablar de tantas veces de decir Credo y mandamientos en su lengua de ellos y las otras oraciones.
Establece en las Pesquería un sistema de asignación de territorios a un responsable, el cual debía de mantenerle informado del devenir de la misión. Una vez que ha organizado ese territorio, parte hacia Manapar y el distrito sur. Permanece un mes con los makuas, bautizando a más de 10.000. Durante 1544 realiza más de veinte viajes de evangelización. Ante las noticias de la ejecución de cristianos en Ceylan, Francisco vuelve a Goa y habla con el gobernador, para acompañar a las tropas que se iban a enviar para castigar las acciones contra los cristianos que el rey Jafnapatán había hecho. Por diferentes causas dicha acción nunca se llevó a cabo. En 1545 parte a las islas Molucas, llegando a Malaca poco después. Durante tres meses, Francisco de Javier aprendería un mínimo el idioma y se familiariza con la cultura local; también traduciría, con ayuda de gentes entendidas, la parte básica de los textos de la doctrina católica. Ese mismo año escribe al rey de Portugal sobre las injusticias y vejaciones que les imponen los propios oficiales de Vuestra Majestad. Sale hacia las Islas de Amborio y Ternate en enero de 1546, después de preparar las Instrucciones para los catequistas de la Compañía de Jesús. Llega a su destino al cabo de mes y medio. Recorre diferentes islas de la región y en Baranula (Ceran), según cuenta la tradición, un cangrejo le devuelve el crucifijo que había perdido durante una tempestad. En junio llega a Ternate, rico centro comercial de especias y última posesión portuguesa, permaneciendo en ella tres meses. De allí sale a las islas del Moro, donde pasa otros tres meses. De las islas del Moro emprende viaje de vuelta a Cochín, donde llegaría el 13 de enero de 1548. Después de realizar labores de reordenación y supervisión de las misiones establecidas en India y Molucas, donde se siente decepcionado con el deterioro sufrido, tal y como demuestra en sus cartas, parte para Japón el domingo de Ramos de 1549, llegando a tierras niponas el 15 de agosto.
Desembarcan en Kagoshima, entonces capital del reino Sur del Japón. Permaneció en esta ciudad durante un año y por tierras japonesas durante dos años y tres meses. Evangelizó por tierras niponas e hizo traducir la obra Declaración de los artículos de la Fe, que se aprendió de memoria y solía recitar en las esquinas. Para responder a las preguntas que los transeúntes realizaban se valía de un intérprete. Ante el fracaso de la misión, pensó en citarse con el rey de la zona con la esperanza de que si éste se convertía al catolicismo, el pueblo también lo haría. En 1550 se dirige al norte con esta intención. Funda una pequeña colectividad cristiana en Hirado. Llega a Yamaguchi, luego a Sakai y, finalmente a Meaco, donde intenta, sin conseguirlo, ser recibido por el rey. Se traslada a Yamaguchi de nuevo y obtiene del
príncipe la garantía de respeto a los conversos al cristianismo. Ante esa perspectiva realiza, junto con sus dos compañeros, una intensa labor de predicación que da su fruto en la creación de una pequeña comunidad católica. Muchos de los convertidos son samuráis. La oposición del clero local, los bonzos, fue siempre fuerte. En septiembre de 1551 le llama el príncipe de Bungo, que le permite predicar en esa islas. Un mes después y dejando algunos conversos, Francisco Javier se vuelve a la India alertado por las noticias que le llegan. En el viaje de vuelta, el capitán de la nao le da la idea de organizar una embajada en China en nombre del rey de Portugal para entablar negociaciones de paz. Cuando llega a Malaca se entera de que la India ha sido nombrada provincia jesuítica independiente de Portugal y que él es su provincial.
El 24 de enero de 1552 llega a Cochín y el 18 de febrero a Goa. Después de solucionar algunos problemas de las misiones y preparar el viaje a China, parte rumbo a ese país el 14 de abril. Le acompañan en la aventura el padre Gago, el hermano Álvaro de Ferreira, Antonio de Santa Fe (que era de origen chino) y un criado indio llamado Cristóbal, y se embarcaron en la Santa Cruz capitaneada por Pereida. Cuando llegan a Malaca tienen problemas con el Capitán de Mares, Alvaro de Ataide, que retrasa el viaje por dos meses e impide que Pereida siga al mando de la nao. Llegaron a la isla de Sanchón a finales de agosto de 1552. Esta isla era el lugar de encuentro entre los mercaderes chinos y portugueses. Permanecen a la espera de la llegada de un barco chino que debe de introducirles, clandestinamente, en el continente. El 3 de diciembre de ese año muere Francisco de Javier cuando contaba 46 años de edad. Su cuerpo es conducido a Goa, donde llega en la primavera de 1554, siendo enterrado en esa ciudad.